El Convento de San Francisco, situado al este de la población de Alcántara, entre las carreteras de acceso a la presa y al Puente Romano, fue promovido por Bartolomé de Oviedo en el siglo XV poniéndose bajo la protección real de los Reyes Católicos en 1.496. En el siglo XVII se realizaron obras de mejora por el Marqués de Buscayolo, y en los últimos años se ha dedicado a fábrica de harina, manteniéndose, en la actualidad, la mayor parte de la maquinaria en el edificio, situándose en tres plantas en la nave de la Iglesia. La utilización de salas contiguas a la iglesia que por tener comunicación directa con ella pueden formar un espacio común donde unas zonas serán museo propiamente y otras alternativamente centro de interpretación formando así una zona cultural independiente funcionalmente, sin interferencias de usos con el resto del edificio.